ナブーの封鎖事件後、パルパティーンはナブー封鎖事件の裁判をする。シディアスとして、総督にシスに脅されて封鎖した事を証言しないように命令していた。しかし、仮に証言しても裁判で総督の相手になるのはシディアス本人であるため、何とか対処可能だったかもしれない。案の定、背後にいるシスの存在を打ち明けなかった総督は、パルパティーンの誘導質問によって総督の座を降りることはなかった。しかし、パドメアミダラの非難に頭を悩ませられた。パルパティーンはナブーから通商連合を追放させるが、経済のエンジンである通商連合を解体すべきでなく、軍備は防衛目的なら保有してよいとした。これに疑問を感じたジェダイマスターのサイフォディアスは、亡きマジスターダマスクの指示通り、カミーノのクローン製造者に100万の兵士製造を秘密裏に要請した。
サイフォディアスはマジスターダマスクの資金を使った事をパルパティーンに言う。サイフォディアスがダマスクに約束した通り、カミーノについて他の誰にも（ドゥークーでさえも）言わなかったのを確認したシディアスは、シス弟子候補のドゥークーにカミーノについてを告白し、支払いの引継ぎと口封じにサイフォディアスを暗殺させる。そして、ジェダイ・アーカイブの中からカミーノの存在を抹消させる。クローン軍が完成するまでジェダイに露呈しないように工作した。伯爵はティラナスとして、ボクデンの月で賞金稼ぎジャンゴフェットにクローンの原型になる契約をさせる。10年後、共和国は銀河最強の軍隊を得る。
ドゥークー伯爵は、それに対抗する形でドロイド軍を組織させる為、ナブー封鎖裁判の直後、疲弊する総督に接触する。伯爵はシス卿である事を隠して、総督から（裁判で黙っていた）シディアスについて、知らない振りをして入念に聞く。いつかジェダイ評議会に告知するとまで言う。
これをシディアスとして聞いたパルパティーンは、通商連合を分離主義勢力に加え、ドゥークーの正体がシスである事を総督に明かし、再びシディアスに仕えさせようと画策する。総督がドゥークーの掲げる分離主義に賛同する条件として、パドメアミダラの暗殺をジャンゴフェットに実行させる。この暗殺は共和国軍創設に反論するパドメアミダラを排除したいパルパティーンの思惑でもあった。結果的に暗殺は失敗するが、ジェダイ評議会はこれ以上投票を延期させない為に、彼女に棄権させてナブーにスカイウォーカーとともに帰らせる。
その間、証拠を手掛かりに暗殺者を追うオビワンは、10年間放置されていたカミーノへ行く。100万のクローンを初めて見たオビワンは、軍のクライアントが共和国であることを意外に思う。不可解な点を明らかにすべく、ヨーダの要請でジャンゴフェットをコルサントに連れて行こうとするが、ジャンゴは反抗しジオノーシスに逃れる。仮にジャンゴがコルサントに連行されたら、シスの計画に支障が生じる。ジャンゴは雇い主ティラナスの正体がドゥークーである事を知っているからだ。そして、ジオノーシスで通商連合が分離主義に賛同しようとしている事を、オビワンがコルサントに報告する。
こうして、双方の陣営がジェダイによって明かされた結果、元老院は突如現れたクローン軍を正規の軍とする為、パルパティーンに非常時大権を与える。非常事態に適用される筈が事実上、彼の独裁になる。早期解決のために一気に中央集権化させるが、何度も失敗（長期化、泥沼化）して、結局、共和国は警察独裁国家になる。本当はパルパティーンがシディアスとしてジェダイが懸命に練った軍事作戦を裏ルートでドゥークー側に漏らし、それに基づいて戦争が行われた為、長期にわたって決着が着かなかったのである。そこでパルパティーンとして、憲法改正や抜本的な法改正が愛する民主主義の崩壊に繋がりかねないと嘆き、非常時大権を危機の消滅と同時に捨てることを国民と議会に約束すれば合法的に独裁者になれる。
そしてドゥークーに、元老院を支配するシディアスの存在を、意図的にジェダイに打ち明けさせる。背後にいるシスの実態、巧妙な計画に基づいた数々の出来事、サイフォディアスの謎めいた死、カミーノについて気付かなかった事を熟慮したヨーダは、シディアスというシスのマスターが本当に実在する事を感じた。かつてのヨーダの弟子ドゥークーは、シス卿モールの後継者である事を認めた。シスの計画と実態を解明するまで、ドゥークーがシスであることを評議会は公表しなかった。つまり、表向きにはシスが関与していないとされる。
シディアスがパルパティーンとして、ティラナスがドゥークーとして、双方から戦争を操った。双方においてバランスよく軍事力を増強、長引かせ、中央集権と同時に銀河市民がジェダイに不満を抱くように仕組んだ。共和国軍を指揮しているのがジェダイであり、分離主義のドゥークーが元ジェダイである事から、ジェダイが戦争を起こしたとも思うようになる。共和国の惑星は安全保障という名目で資源を供給、 パルパティーンを支持した。分離主義勢力の惑星は腐敗した民主主義からの脱却、利益の確保という名目で伯爵を支持した。ジェダイによって画策されたとされる戦争の勃発によって共和国は自然に軍事国家に急転し、それと同時に銀河市民はパルパティーンの権力の増加と乱用を許すようになる。
しかし、パルパティーンは戦争の終結後に大権の放棄と議長の辞任、民主主義の復活を明言している。実際にその気はない。これで帝国となる下地が整い始める。ジェダイは極秘に、シディアスを探す為に議会を盗聴したり、議員のミディクロリアン値を採取、議事堂の地下を捜索した。パルパティーンと深い繋がりのあるアナキンには、情報が漏れるのを懸念して話さなかった。多くの危険を冒してシディアスの捜索をしたが、シディアスの存在を明かす証拠は何一つでなかった。
しかし、ダース・モールが生きている情報が共和国にもたらされる。シディアスの弟子を確保できれば、シスの実態解明に近づく。評議会はオビワンが適任だとした。この件についてヨーダから報告されたパルパティーンは、モールにオビワンを始末させ、復讐を叶えてやろうとする。その後モールを利用しようと画策した。モールは新たな弟子サバージを従え、犯罪組織の首領になる。オビワンの愛するマンダロアの公爵を餌にオビワンを誘い出し、復讐を果たした。公爵の始末によりダークサイドの行為を感じたシディアスは単身マンダロアに赴く。オビワンを始末しなかったモールに怒りを炸裂したシディアスは、サバージを始末してモールを確保した。パルパティーンはジェダイがモールを逃した件についてヨーダに不満を表した。
後にモールの利用価値を熟慮したシディアスはモールを逃す。
共和国は分離主義勢力を力ずくでコアとインナーリムから一掃し、取り戻した惑星に強力な軍が駐留する（後に帝国の中枢になる）
そんな中、ガンレイ総督が無謀にもケイトニモーディアに立ち寄り、アウターリムに財宝を持ち帰ろうとする。その情報を掴んだ共和国は待ち伏せし、捕らえようとするが逃げられる。しかし、シスの捜索の手がかりになるハイパーウェーブ通信機、メクノチェアを情報部とジェダイが入手する。入手したメクノチェアをパルパティーンに知らせずに調査するのが、ヨーダの方針だった。メクノチェアの設計師をオビワンとアナキンが訪ねる。一方、メクノチェアの紛失に気付いたガンレイはルーンハーコ以外、誰にも報告しなかったが、グリーヴァスがメクノチェアに送信した分離主義者の避難所が分からなかった。その為、避難所がベルデロンであることを突き止めたクローン情報部とジェダイは、近くにいるアナキンとオビワンにベルデロン奇襲を指揮させる。その相手であるグリーヴァスは共和国艦隊がいたことに唖然とする。ベルデロンを避難所にしたことは、分離主義のリーダー達にしか、知らせていなかったからだ。つまり、共和国はその通信を傍受したことになる。その原因について総督に問いただしたら、正直に吐いた。それをティラナス卿に報告する。ティラナスはシディアス卿に報告する。パルパティーンはヨーダ達が一切の報告なしに調査していたことに不満を抱き、なぜ報告しなかったかを聞いた。評議会には信頼されていないのか、勝手に軍事行動するのは困ること、ベルデロン奇襲によって盗聴のチャンスを不意にしてしまったことを残念だと告げた。そして、この戦争はシスが関わっていることをヨーダから聞く。パルパティーンは怪しまれないように、シディアスの正体を暴きこの戦争を終わらせてほしいと頼む。
メイスはオビワンとアナキンから報告された手がかりを元にコルサントのザ・ワークスをクローン情報部と捜索する。しかし、軍の参謀本部からは分離主義のトップ、ドゥークーがコルサントを出入りしているのは有り得ないと言われる。パルパティーンかレッドガードの関係者、人間の政府高官の誰かがシスであるという結論を下す。共和国と分離主義の軍事バランスが意図的に保たれており、共和国の情報が筒抜けになっていると疑っていた。
これ以上のジェダイの捜索を中断させるために、シディアスはグリーヴァスに戦争の最終作戦、コルサント奇襲を命じる。しかし想定外にモールがマンダロアにいる情報がもたらされる。これは憎きシディアスの計画を妨害するモールの絶好のチャンスだった。アナキンをマンダロアに誘い出す事がモールの狙いだったらしいが、アナキンとオビワンはコルサントに行き、アソーカとレックスはマンダロアに行く判断をする。
グリーヴァスはシディアスから聞いた極秘のジャンプレーンを使ってコルサントの防衛艦隊の不意を突き、首都を制圧する。多くの艦隊がアウターリム包囲作戦で戦っていたため、共和国は急遽不利になる。グリーヴァスによるパルパティーン誘拐劇をシディアスがパルパティーンとして演じ、アナキンによって救出され、ドゥークーを殺したことを公に絶賛する。実際にはアナキンがシスになるべきかの力量を試すテストであり、邪魔なケノービの殺害と、裏切られた事に気付いたティラナスの口封じのため、パルパティーンとして殺すよう、裏で促すためであった。パルパティーンがアナキンにドゥークーを殺せとそそのかした事実は誰も知らない。ドゥークーの死で背後で暗躍するシスの実態解明は難しくなった。しかしアソーカがモールの確保に成功する。アソーカはモールからシディアスという名を聞き、オビワンに報告する。評議会はシディアスの正体を暴く寸前であった事から、コルサント奇襲は陽動作戦であり、ドゥークーが口封じされた事を話す。
パルパティーンはアナキンに評議員になることを直接薦める。元老院の干渉なしに軍隊を操る権限を議会で与えられたパルパティーンは、評議会を監督しやすいようにアナキンを私的代理人にしたかったからだ。これを察した評議会はアナキンにパルパティーンをスパイさせる事を画策する。これをオビワンから聞いたアソーカは反発する。
パルパティーンは評議会が自身か周りの人物を怪しんでいる事を見抜き、評議会は自身をスパイさせることをアナキンにさせると確信していた。
評議会はキャッシークにヨーダを派遣する。ヨーダをコルサントから排除できた事にシディアスは喜ぶ。評議会がパルパティーンを疑っている事を知らないアナキンに、ジェダイの共和国における疑惑（ジェダイが戦争を早く終わらせず軍事力を増強させている）を説明する。またシディアスとしてグリーヴァスに命じた居場所をアナキンに流す。グリーヴァスの捜索にはアナキンが相応しいと言う。
アナキンは評議会で捜索の指揮を執るように頼むが、確かな情報らしいので、評議会は慎重に行動する為にオビワンを指揮官に選ぶ。評議会は優秀なマスター達をコルサントから離せば、戦争終結を恐れて焦ったシディアスを誘き寄せられると考えていたのだ。オビワンもウータパウに排除できた事に満足したパルパティーンは、アナキンの報告を聞き、素性がシディアスであることを暴露する。
全ての陰謀を知ったアナキンがメイスに報告する頃には、既に将軍は死んでいた。メイスはアナキンの報告を聞き、パルパティーンを逮捕勾留しようとする。メイスはアナキンが混乱しているとして逮捕には同行させない。コルサントから離したヨーダとオビワンは助けてくれない。無論、パルパティーンを殺す気でいた。アナキンはパルパティーンが死ぬのを恐れて、オフィスに急いだ。逮捕後にシスの秘術を教えてくれるとさえ思っていた。そこには、命拾いするパルパティーンがいた。グリーヴァスの死後、非常時大権で権力を手にしたパルパティーンを暗殺して、戦勝した共和国の政権を奪おうと画策したという理由で、反逆者として始末する演技をしたのだ。
（政権を元老院に返上した後では共和国は軍事国家ではなくなる為、ジェダイが双方から操り、軍事国家となった共和国を則ろうとした理由にならないので、グリーヴァスの死の報告を反逆として利用した）
全ての陰謀を知った二人は裁判にかけるが殺すかを話すが、結局アナキンはメイスを殺すパルパティーンの手助けをする。メイスは敵の最大の武器がアナキンである事に気付く。ジェダイとして生きるために、逮捕しようとしたが、まさか本当に殺されそうになり、間違った判断で逆に味方を殺してしまう。結果として許されざる行為をしてしまい、間違っていると分かっていてもシスとして生きていくしかない。己の弱さに屈したアナキンは暗黒面に落ちシスの称号ヴェイダ―をシディアスに与えられる。暗黒面を恐れなくなった。パルパティーンを殺そうとまでしたジェダイの陰謀を知らないのは、アナキンだけとしたシディアスは、共和国への裏切りとしてジェダイを皆殺しするよう命じる。シディアスはパルパティーンとしてジェダイの粛清オーダー66を全クローン兵に発令する。さらに戦争終結の為、アナキンにはヴェイダ―として、分離主義勢力のリーダーも皆殺しにするよう命じる。こうしてヴェイダ―は銀河に安全、安定、平和をもたらしたとして自身の行為を正当化する。アナキンの転向を察したアソーカは、オーダー66を受けたレックスに発砲される。シディアスはモールの始末もレックスに命じた。
全銀河のクローン兵の脳に埋め込まれた行動抑制チップが作動、機械的にジェダイを裏切った。ジェダイの為の軍隊でジェダイを殺させるーこのシスの計画を理解したモールは、憎きシディアスを賞賛する。
パルパティーンは緊急議会で、ジェダイは10年間隠し育てていたクローン軍隊と、ドゥークー伯爵率いるドロイド軍の出現を利用して、議会に過激な強行採決をさせて、自身に非常時大権を無理矢理与え、3年間双方において、決着が着かないようにバランスよく戦い、戦いやすい国家にするために憲法や法律の改正、中央集権を促進して、自身を独裁者に仕立て上げて殺し共和国を則ろうとした罪で反逆者だと断罪する。全銀河市民が聞く頃には、既にジェダイは壊滅し、異を唱える議員は殆どいなかった。パルパティーンは恒久的な平和の為に自ら全権を行使する、安全、安定、平和を約束する帝国の皇帝になる。皇帝はジェダイが陰謀の一環で分離主義勢力を設立したとして、行方不明の分離主義リーダーを帝国の安全上の脅威として軍事力を増強させる。勿論、永遠に発見されない事が分かっていて、わざと言っている。
