オーダー66の発令により、99％のジェダイが死に絶えました。生き残ったオビワンとヨーダはジェダイ聖堂に行き、“戦争が終わったのでジェダイ聖堂に帰還せよ”というメッセージを変更します。他の生き残ったジェダイが罠にかかり、クローン兵に殺されることを警戒したためです。そしてアナキンが多くのジェダイを裏切り、皇帝に賞賛されたことをホロカメラで知ります。ヨーダとオビワンは、皇帝が評議員の一人となったアナキンを通してジェダイの遺産全て押収するだろうと考えました。アーカイブの書籍、ホロクロン、データマップ、監視カムなどです。これを阻止するためにヨーダは皇帝に、オビワンはヴェイダーに勝負を挑みます。しかしながら、ヨーダは暗殺が失敗した場合の案も考えていました。コルサントから遠く離れた辺境の星に身を隠そうとします。その星の存在を帝国に知られてはまずいため、聖堂のホロマップからダゴバという惑星の座標を消去します。かつて弟子がカミーノの情報を消去したように。
結果的に暗殺は失敗、ヨーダはダゴバに逃れます。その事を知っているのはオビワンとオーガナだけです。
一方、皇帝はジェダイの遺産、政治権力、軍事力、新しい弟子など全てを掌握しました。官僚の説明を通して国民に“ジェダイの陰謀”を理解させるためにあらゆる物証を使います。そこで役に立ったのがオフィスでの録音ファイルとジェダイ聖堂の監視カムでした。
戦争中、聖堂に残った少数のジェダイと評議会の監視カムを、ヴェイダーを使って皇帝本人が閲覧します。皇帝の予想通り、99％のジェダイは戦争を早期終結させることに必死だったのを確認します。その過程を作戦記録や通信記録から洗い出します。
元老院内で議員達が自らの権限を議長に渡していましたが、中には友人のジェダイの進言で渡していたケースもあった事が判明します!これを通信記録から知った皇帝は、ジェダイが中央集権化を強く望んでいた証拠として官僚に提出します。おそらく評議会が察知しない時に、戦争の長期化に疲弊したジェダイが、元老院が議論の手間を省いて即行動できるようにしようとしたのでしょう。
皇帝でさえも驚いたのは、議長を最高司令官にして評議会を監督下に置く法案を、ある議員に提出させたのはジェダイだった事です。皇帝は、評議員が法案を嫌い、元老院の干渉なしに議長が軍隊を操ることを警戒していたことは予想していました。しかし、その法案を提出した張本人がジェダイであった事は予想外だったようです。そのジェダイは評議員が最高議長を逮捕するクーデター成功で、議長が持つ権限を全て評議会が引継ぐのではないかと考えていたのかもしれません。そうしたら自然に、元老院の干渉なしに軍隊を操る権限を、評議会が握ることになります。皇帝はこれを立証するために、そのジェダイの存在について官僚に提出します。もしかしたら、戦争が長期化することで議長の権力が強化される事を喜んでいた1％のジェダイだったのかもしれません。
皇帝は軍のデータベースと聖堂のデータベースを照合してオーダー66が遂行されていない惑星がないか、生き残っているジェダイがいないか、ヴェイダーと官僚に調べさせます。そして、アナキンがジェダイを殺す監視映像をヴェイダーに消去させます。
世間にスカイウォーカー（選ばれし者）もオーダー66で死んだと誤解させるためです。ヴェイダーの正体が暴かれてはまずいですから。
