ジェダイは戦時中、水面下でシス卿を探っていました。元老院を監視、クローン戦争を背後で操るシディアスを追っていたのです。
パルパティーンに進捗を報告する訳ですが、終戦までシディアスの正体を暴けませんでした。
ジェダイは、パルパティーンの周囲の人間がシディアスの影響下にあると断定。パルパティーン自身がシディアスでないのは、彼が既に銀河を支配していたからです。目の前にシス卿がいて、生かされていた事実がわからなかった。
ジェダイの目を掻い潜り、ジェダイをオーダー66で粛清した皇帝は、ジェダイが戦争を画策して、共和国そのものを独裁体制に作り変えていたというシナリオを元老院に植え付けます。
皇帝が怒ったのは、ジェダイが意図して戦争を長引かせた事すなわちグリーヴァスを逃していた実態です。これは歪曲された実態ですが、シディアスの悪事をジェダイの悪事とする事で、説明が成り立ちます。
その為に戦時中シディアスは、グリーヴァスを逃し続けました。
パルパティーンはジェダイの報告やクローン情報部からの報告に基づき、グリーヴァスに最適な逃げ道を密かに提供していたのです。
グリーヴァスは事前の命令により、容易に戦闘エリアを銀河全域に拡大できました。シディアスからの情報の確かさに驚愕していた程です。数々の巧妙な作戦をしてきた。
他にも、ドゥークーや分離主義幹部の所在を共和国に察知されないように計らいます。ドゥークーは最も容易くコルサントに出入りさせられました。まさか敵陣のトップがコルサントに何度も出入りしていたとは、ジェダイは想像していなかったでしょう。
「我々の通信を傍受できる程、情報部が優れているとでも思ったか？」
こうした水面下のシス卿の動きを、クローン情報部は察知していました。
パルパティーンは報告を要求しますが、クローン情報部は先にジェダイに接触してしまいます。シディアスについて勘付いているクローン情報部を侮れない。
クローン情報部はジェダイと共に、シス卿を追っていたのです。
戦後、ジェダイの陰謀を元老院に説明する過程で、皇帝はシディアスの痕跡を抹消します。クローン情報部を解体します。（始末に自ら手を下す）
シス卿の存在を否定、シディアスはジェダイの作り話であったとされます。
ドゥークーとパルパティーンの闇の関係、ジェダイを欺いていたメカニズムを葬ります。
皇帝は、クローン戦争が長引いた原因、ジェダイの陰謀を察知できなかった要因は、クローン情報部が役立たずだったからだと主張。情報の分析が遅くグリーヴァスに対応できなかった不満。
情報機関の予算は意外と少なかったと思われる（正体を暴かれたくなかったから）
ジェダイ・オーダーは壊滅したので、新しい脅威に対応できる情報機関が必要。独立せず組み込まれた保安局ISBの創設を命じた。
情報機関がジェダイと共謀するかつての懸念はなく、皇帝に有益な報告を挙げてくれる。正体が暴かれる心配は過去の話。
体制を維持する上で生じる脅威を事前に把握する事だ。そして脅威を排除する権限も与えた。
もちろん、元老院の承認は必要ない。
